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如果出兵就是“师出无名”，双方和平条约既已签订，大清乘准噶尔内讧之机破坏条约大举入侵，于理不合，不是天朝上国应该有的做法。
理由之三是20多年没有大规模战争，全国上下已经习惯了和平，“人心狃于久安”。如今突然要大规模对外作战，人们毫无精神准备。况且战争是天底下最花钱的事。特别是远赴西域，必须往西部运送大量的军粮和军事物资，这些在几个月之内根本不可能。而且一旦战争失败，那么这些草原狼很有可能乘胜追击，一举深入内地，给大清帝国带来难以承受的灾难。这个后果，谁也承受不起。
虽然在乾隆二十年前后，乾隆皇帝已经在大清帝国建立起牢不可摧的权威，把大清官僚机器收拾得服服帖帖，可是他的决定一发出，还是遇到了巨大的阻力。这些奴才怀抱着为主子考虑的耿耿忠心，雪片一样飞来反对的奏折。他们一致认为，皇帝登基以来，万事都英明伟大，只有这次的决定，实在是大错特错了。
乾隆对这些“忠心耿耿”的奏折不屑一顾。因为他站的高度和角度与众人不同。
乾隆皇帝的雄心、自信心和责任心在清代帝王中首屈一指。他身上承担的，是祖父与父亲两代的重托。每逢皇父忌日，乾隆都要盥手焚香，将载有“宝亲王弘历（乾隆）秉性仁慈，居心孝友，圣祖仁皇帝（康熙）于诸子孙中最为钟爱，抚养宫中，恩逾常格”一段文字的皇父传位遗诏恭读一遍，“以志思慕之诚，以凛继绳之重”。在乾隆政治生涯过半时，他曾说过：“自古帝王所以禀承付托者，不过其父而已，而我则身受皇祖、皇父两代的重托。言念及此，我还敢有一丝一毫的怠惰吗？”
他对自己的能力极端自信，绝不仅仅满足于自己统治的这一代平安无事。他对每件事的考虑，都是从“大清朝亿万斯年”这一大局出发，着眼于大清江山的永远巩固。因此，他要从内外两方面，尽可能彻底地消除威胁大清国家安全的任何因素。消除皇室、亲贵、朋党、权臣、太监对皇权的威胁，不过只是他国家安全战略的一半，另一半，则是建立一个长治久安的外部环境。
对外部环境的关注，是满族帝王与汉族帝王的最大不同。
历代汉族帝王对于周围的“四夷”，一贯抱存而不论的蔑视心态。清代帝王却从来不这样想。清代帝王本身就起自“夷狄”，自身的边疆少数民族身份，使得他们能够以一种全新的角度对待和处理边疆民族问题。他们知道，只有深入了解每个民族的历史、现状、内部关系，才能恰到好处地进行统驭。
为了成功地处理边疆问题，清代前期帝王对少数民族历史、语言、风俗习惯都很感兴趣，乾隆皇帝则是其中的杰出代表。为了处理帝国周边事务，他有意识地下大功夫，学习少数民族语言。他回顾自己学习语言的经历时说：“朕即位之初，以为诸外藩岁来朝，不可不通其语，遂习之，不数年而毕能之，至今则曲尽其道矣。”“侵寻而至于唐古特语，又侵寻而至于回语，亦既习之，亦既能之。”也就是说，他在即位之初，也就是二十五岁之时，因为蒙古族首领岁岁来朝，遂开始学习蒙古语，不过数年已经基本掌握，如今更可以说登堂入室深有研究。从蒙古语出发，他又开始学习藏语，后来又开始学习回语，达到了“能之”的水平。
乾隆的维语和藏语学到了什么水平现在无法具体考证，但蒙古语他确实是达到了可以熟练运用的程度，正如乾隆本人所说的“对语不须资象译，通情洽会系深思”。乾隆十九年（1754年），在避暑山庄接见阿睦尔撒纳时，乾隆即“以蒙古语询其始末”，进行了长时间深入交流。
早在乾隆二十年之前，乾隆皇帝已经利用语言优势，花费了巨大的精力，深入了解了西蒙古的历史，在平准之后他亲自撰写过论述准噶尔蒙古世系源流和部落现状的《准噶尔全部纪略》。这篇文章综合了蒙古和汉文资料，对准噶尔的历史源流和部落结构进行了详细深入的考证及描述，可以看作是一篇相当出色的学术作品。
基于这种知识积累，他对准噶尔问题看得很深很透。准噶尔表面上只是大清边疆上的一处癣疾，实际上却是关系到整个陆地边疆稳定的核心。准噶尔地势险要，向南可以控制西藏，向东可以统一蒙古。这个国家的存在关系到西藏和东蒙古的稳定。如果不消灭这个汗国，西藏和蒙古就永无宁日。这一点，雍正皇帝早就已经指出：“准噶尔一日不靖，西藏事一日不妥。西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑贰。此实为国家隐忧、社稷生民忧戚系焉。”现在虽然双方订立了和平条约，但东方式的条约并不可靠。一旦准噶尔强大起来，必然会撕毁条约，重燃恢复大元之梦。
因此，即位以来，“西师”一直是一个盘桓在他脑际的重要问题。
站在今天的时间点回望，乾隆二十年确实是中原王朝扫平西部、彻底统一中国的千载难逢的良机。准部处于有史以来最衰弱的时期，兵无斗志。而清朝经过三代经营，国力强盛。此时兴师，十拿九稳。人生的机会往往稍纵即逝，国家和民族的机会更是如此。这一形势，今天看来十分清楚，可是当局者迷，站在历史十字路口的人们，往往身在此山中，云深不知处。清王朝所有的官员几乎都没有看到这个形势，皇帝与大臣们意见针锋相对，除了对战争的观念不同之外，更主要的是双方知识储备、国家视野、掌握的信息量不同。乾隆站得高、看得远。而朝中大臣们则对这些“蛮夷”素少关注，对乾隆的这一决定难以理解。满朝大臣，只有小舅子傅恒赞成皇帝的决定。战争结束后皇帝回忆当时的情景说：“人心狃于久安。在廷诸臣，惟大学士傅恒与朕协心赞画，断在必行，余无不意存畏葸。”
领导人的能力体现在做出高人一筹的决断，并且有力地实施这个决断。因此，这场战争最重要的不是战斗本身，而是如何推动大清帝国这架机器走上战争轨道。
乾隆皇帝后来回忆说：“斯时，力排众议，竭尽心力。”（《御制诗五集》）做官僚集团的思想工作，动员、组织文武官员投入这场战争，让他几乎精疲力竭。他连篇累牍地发布谕旨，分析清准力量对比，再三论证出兵讨伐的必要性，并表示自己决心已下，不可动摇。他说：“此正可乘之机。若失此不图，再阅数年，伊事势稍空，必将故智复萌，然后仓猝备御，其劳费必且更倍于今。”“此际达瓦齐力穷失据，且内难相寻，众心不服，失此不图，数年之后，伊事务稍定，仍来与我为难，必致愈费周章。”
乾隆十九年（1754年）十月十三日，他在太和殿召见诸王和满族大臣，对他们说：“朕总理天下诸务，惟据理独断，应办之事，断不为众所阻挠。如其不可，众人强为奏请，朕亦断不允行。是皆尔等所共知者。此用兵要务，朕筹之已审，岂以众人怯懦，即失机宜，半途而废。”（《清高宗实录》）
经过反复思想动员，终于，人们表面上不再反对了。大清帝国勉强开上了战争轨道。
然而乾隆却物色不到一位堪当大任的主帅。在所有的大臣中，只有傅恒真心诚意支持出兵，可是此人素不知兵，难以承担如此大任。平安无事数十年的满族将领们也“惟守妻孥以求安逸，闻战阵而甘退缩”。成兖札布、策楞、舒赫德等老将素称勇敢干练，可是对这场战争却都心怀退缩，“萎靡懦怯”，无奋勇争先之态。左右权衡，乾隆勉强选定了班第和永常，分任北路和西路主帅。
接下来是粮草问题。如果按照“兵出粮随”的用兵常理，这场战争根本没法打。因为平定准噶尔的时机是突然到来的，清王朝毫无准备。前线并无粮草，准备也已来不及。一是从内地运粮到西部，每石米价值不过3两银子，可是运费要高达20两。二是即使清廷财力充裕，负担得起运费，征购和运送时间上也万万来不及。
乾隆悍然决定，抛弃行军常规，“因粮于敌”。也就是说，每名士兵自背可吃两个月的口粮，其余口粮，沿途取之于蒙古牧民。乾隆的上谕说得冠冕堂皇：“官兵前进，沿途可以打牲，宰杀疲乏牲畜。现在投诚的厄鲁特蒙古人所有的牲畜，虽然不应夺取，但是暂时取用，将来再给补偿，也无不可。”
这实际上允许官员沿路抢掠。所谓将来补偿，只是无法兑现的空话而已。这一大胆的举动后来被证明埋下了严重后患，在当时却被乾隆认为是唯一的办法。
此谕一出，不少大臣都目瞪口呆，纷纷反对。陕甘总督刘统勋上奏说此举太过冒险，仍当先筹粮运饷，然后再进兵。乾隆批评他说：“刘统勋此奏……全不合此次机宜。”
定西将军永常也反对因粮于敌。乾隆皇帝说得口干舌燥，禁不住骂起人来：“永常全不知事理之轻重，颠倒舛谬，至于此极！”
一顿痛骂，终于压住了所有反对者的声音。乾隆二十年（1755年）二月，清军北路和西路两路出师，共计五万人，加上负责运输的夫子共近八万人。每位士兵配备战马三匹，共计十五万匹。配备骆驼一万峰。乾隆以从准噶尔叛逃的重要将领阿睦尔撒纳为前锋，以收招降之效。果如乾隆所料，准部连年内战，人心厌乱，清军一到，纷纷归降，“各部落闻风崩涌……所至台吉、宰桑，或数百户，或千余户，携酮酪，献羊马，络绎道左，师行数千里无一人抗颜行者。”大军刚刚出动，就有札哈泌部一千三百户来降，称“我等为达瓦齐残虐，愿率属效力”。紧接着准噶尔颇有权势的大台吉也率部属投降。五月，两路大军会师于新疆博乐县（今新疆博禾市），向伊犁进军。伊犁民众也纷纷迎降。“大兵至伊犁，部众持羊酒迎犒者络绎载道，妇孺欢呼，如出水火，自出师以来，无血刃遗镞之劳，敉边扫穴，实古所未有”。充分证明了这次出师时机选择的重要性。
在这种情况下，准部新首领达瓦齐无心抵抗，率一万人逃亡至伊犁西南的格登山。清军穷追不舍，将其擒获，送往京师。平准战争初获胜利。
过于迅速的成功往往包含着问题。清军攻克伊犁后，原以为可以缴获一部分牲畜、粮食。不料准部屡经战祸，伊犁并无积存物资。因为军粮不继，平定了准部之后，清朝大军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支持乾隆平准的喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝对喀尔喀蒙古的榨取超过了极限。“因粮于敌”的策略在战争中实际上演变成了因粮于友。在开往新疆的途中，缺乏物资准备的清军一再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用的方式夺走了。除了这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜的带领下，一万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古的反清战争。
乾隆醒悟到了自己的失误，迅速转了弯子。“北京理解到了这一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人的贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔的哥萨克》）
乾隆知道仅仅一封信是远远不够的。他又通过小时候一起读书的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住了喀尔喀蒙古，镇压了青衮杂卜起义，扫除了后顾之忧。
吸取了这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”了。他痛定思痛，改变了作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十一万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。
这场战争意义非同一般。自大清开国以来，准噶尔汗国这个敌对势力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窥视着内地，让连续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。
但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。
而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。准噶尔人一开始以为清军是自己的救星，及至发现他们其实是强盗后，越来越多的人自发地反抗清军，对他们展开袭击。因此，在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事，以维护自身的安全。而这一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓励。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清军参赞大臣哈达哈等向皇帝奏报：清军来到济尔玛台地方时，遇到厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报之后，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授为领侍卫内大臣。
在展开大屠杀前，乾隆已经多次导演过整部落的灭绝事件。
阿睦尔撒纳反叛后，乾隆分别任命了新的准噶尔四部汗王。其中任命巴雅尔为辉特部的汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆获悉巴雅尔追随阿睦尔撒纳复叛的消息后，大为震怒，他命人全力剿灭辉特部，对和硕特部汗王沙克都尔曼吉，也密谕清朝将军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。
沙克都尔曼吉在平准战争中率先投降了清朝，所以才被封为“和硕特汗”。他是坚定效忠清政府的。叛乱四起时，他拒绝附从叛军，不顾个人安危，毅然率本部四千余户离开故土投奔内地，来到清军驻地附近，“依巴里坤（清西路大军军营）近城以居”。清朝将军雅尔哈善见皇帝猜疑心重，遂抱定宁左勿右的宗旨。尽管沙克都尔曼吉毫无叛意，仍然设计剿杀。
对于这次屠杀，雅尔哈善很动了一番脑筋。他从自己的军队中精选了五百人，假装出兵他处，路过和硕特部的住地借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军来到，极表欢迎，腾出了最好的几十顶帐篷给这些清兵住。尽管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把仅存的几十只羊都杀掉了，拿出积存的所有美酒，盛情款待。心地拙实的蒙古首领们在宴席上都喝得大醉。等到半夜时分，清军“以笳为令，袭其卧庐”，一声令下，对沉睡中的蒙古人发起突袭，一个蒙古包一个蒙古包地杀戮，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”。而汗王沙克都尔曼吉也死得很惨。据《啸亭杂录》载，沙克都尔曼吉喝醉之后，脱光衣服，呼呼大睡，对于闯进来的清军毫不知觉。他的妻子从睡梦中惊起，见清军持刀砍向她的丈夫，遂奋不顾身赤身裸体扑到丈夫身上，为他挡刀，结果两人被乱刀砍死，死后仍然紧紧抱在一起，“裸而抱持之，如两白蛇蜿蜒穹庐中”。
情况汇报上来，乾隆帝夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，著交部“照军功议叙”。雅尔哈善于第二年被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后来又被封为一等伯。
如果说这些屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署。在第三次平准战争中，皇帝明确谕示：“厄鲁特人等反复无常，实为覆载所不容”，“此等贼人断不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另筹安插。前此两次进兵，皆不免过于姑容，今若仍照前办理，则大兵撤回，伊等复滋生事端，前事可为明鉴”。
在皇帝的导演下，一场惨绝人寰的悲剧在西部草原拉开了帷幕。
伊犁附近的赛里木湖是新疆最大、最美的高山湖泊之一，它像一块巨大的翡翠，静静地镶嵌在天山腹地。远岸雪峰高耸，湖边牛羊如云，恍若世外桃源。
250多年前，这座美丽的湖泊附近却上演了人类历史上最野蛮的一幕。乾隆二十三年（1758年）春天，正是草场返青、野花怒放的季节。数千名大清兵丁在这个季节里进行着一场盛大的围猎。他们围猎的对象不是动物，而是人类，是新疆准噶尔部落的蒙古族平民。他们进入一条条山谷，沿河而上，细细搜索，遇到蒙古包，就冲进去，把里面的人统统砍死。大部分世代生活在这里的蒙古牧民根本没有弄明白是怎么回事，就一家家被消灭了。
一支拥有二百顶帐篷的蒙古小部落提前下了山，在赛里木湖畔支起了一顶顶帐篷。这支部落已经在这里平静地生活了数百年，他们根本想不到自己有一天会成为自己同类的猎物。部落中的男人骑着骏马，慢悠悠地驱赶着牛羊，女人在帐篷里赶制一天的食物，孩子们淌着鼻涕，扯着刚返青的枝条玩着打仗的游戏。一切都与其他春季没有区别。
中午的时候，急促而纷繁的马蹄声响起。数千名全副武装的清朝骑兵形成一个半圆形，由远及近，围住了这片湖畔的二百多顶帐篷。男人们惊讶得不知所措，张大着嘴呆呆地看着这些陌生的异族人。女人们躲进帐篷由毡缝偷偷向外窥视。只见这些身材矮小的满族军人从一座座蒙古包里把蒙古人驱赶出来。个别人想反抗，立刻被军人砍翻在地。
如果出兵就是“师出无名”，双方和平条约既已签订，大清乘准噶尔内讧之机破坏条约大举入侵，于理不合，不是天朝上国应该有的做法。
理由之三是20多年没有大规模战争，全国上下已经习惯了和平，“人心狃于久安”。如今突然要大规模对外作战，人们毫无精神准备。况且战争是天底下最花钱的事。特别是远赴西域，必须往西部运送大量的军粮和军事物资，这些在几个月之内根本不可能。而且一旦战争失败，那么这些草原狼很有可能乘胜追击，一举深入内地，给大清帝国带来难以承受的灾难。这个后果，谁也承受不起。
虽然在乾隆二十年前后，乾隆皇帝已经在大清帝国建立起牢不可摧的权威，把大清官僚机器收拾得服服帖帖，可是他的决定一发出，还是遇到了巨大的阻力。这些奴才怀抱着为主子考虑的耿耿忠心，雪片一样飞来反对的奏折。他们一致认为，皇帝登基以来，万事都英明伟大，只有这次的决定，实在是大错特错了。
乾隆对这些“忠心耿耿”的奏折不屑一顾。因为他站的高度和角度与众人不同。
乾隆皇帝的雄心、自信心和责任心在清代帝王中首屈一指。他身上承担的，是祖父与父亲两代的重托。每逢皇父忌日，乾隆都要盥手焚香，将载有“宝亲王弘历（乾隆）秉性仁慈，居心孝友，圣祖仁皇帝（康熙）于诸子孙中最为钟爱，抚养宫中，恩逾常格”一段文字的皇父传位遗诏恭读一遍，“以志思慕之诚，以凛继绳之重”。在乾隆政治生涯过半时，他曾说过：“自古帝王所以禀承付托者，不过其父而已，而我则身受皇祖、皇父两代的重托。言念及此，我还敢有一丝一毫的怠惰吗？”
他对自己的能力极端自信，绝不仅仅满足于自己统治的这一代平安无事。他对每件事的考虑，都是从“大清朝亿万斯年”这一大局出发，着眼于大清江山的永远巩固。因此，他要从内外两方面，尽可能彻底地消除威胁大清国家安全的任何因素。消除皇室、亲贵、朋党、权臣、太监对皇权的威胁，不过只是他国家安全战略的一半，另一半，则是建立一个长治久安的外部环境。
对外部环境的关注，是满族帝王与汉族帝王的最大不同。
历代汉族帝王对于周围的“四夷”，一贯抱存而不论的蔑视心态。清代帝王却从来不这样想。清代帝王本身就起自“夷狄”，自身的边疆少数民族身份，使得他们能够以一种全新的角度对待和处理边疆民族问题。他们知道，只有深入了解每个民族的历史、现状、内部关系，才能恰到好处地进行统驭。
为了成功地处理边疆问题，清代前期帝王对少数民族历史、语言、风俗习惯都很感兴趣，乾隆皇帝则是其中的杰出代表。为了处理帝国周边事务，他有意识地下大功夫，学习少数民族语言。他回顾自己学习语言的经历时说：“朕即位之初，以为诸外藩岁来朝，不可不通其语，遂习之，不数年而毕能之，至今则曲尽其道矣。”“侵寻而至于唐古特语，又侵寻而至于回语，亦既习之，亦既能之。”也就是说，他在即位之初，也就是二十五岁之时，因为蒙古族首领岁岁来朝，遂开始学习蒙古语，不过数年已经基本掌握，如今更可以说登堂入室深有研究。从蒙古语出发，他又开始学习藏语，后来又开始学习回语，达到了“能之”的水平。
乾隆的维语和藏语学到了什么水平现在无法具体考证，但蒙古语他确实是达到了可以熟练运用的程度，正如乾隆本人所说的“对语不须资象译，通情洽会系深思”。乾隆十九年（1754年），在避暑山庄接见阿睦尔撒纳时，乾隆即“以蒙古语询其始末”，进行了长时间深入交流。
早在乾隆二十年之前，乾隆皇帝已经利用语言优势，花费了巨大的精力，深入了解了西蒙古的历史，在平准之后他亲自撰写过论述准噶尔蒙古世系源流和部落现状的《准噶尔全部纪略》。这篇文章综合了蒙古和汉文资料，对准噶尔的历史源流和部落结构进行了详细深入的考证及描述，可以看作是一篇相当出色的学术作品。
基于这种知识积累，他对准噶尔问题看得很深很透。准噶尔表面上只是大清边疆上的一处癣疾，实际上却是关系到整个陆地边疆稳定的核心。准噶尔地势险要，向南可以控制西藏，向东可以统一蒙古。这个国家的存在关系到西藏和东蒙古的稳定。如果不消灭这个汗国，西藏和蒙古就永无宁日。这一点，雍正皇帝早就已经指出：“准噶尔一日不靖，西藏事一日不妥。西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑贰。此实为国家隐忧、社稷生民忧戚系焉。”现在虽然双方订立了和平条约，但东方式的条约并不可靠。一旦准噶尔强大起来，必然会撕毁条约，重燃恢复大元之梦。
因此，即位以来，“西师”一直是一个盘桓在他脑际的重要问题。
站在今天的时间点回望，乾隆二十年确实是中原王朝扫平西部、彻底统一中国的千载难逢的良机。准部处于有史以来最衰弱的时期，兵无斗志。而清朝经过三代经营，国力强盛。此时兴师，十拿九稳。人生的机会往往稍纵即逝，国家和民族的机会更是如此。这一形势，今天看来十分清楚，可是当局者迷，站在历史十字路口的人们，往往身在此山中，云深不知处。清王朝所有的官员几乎都没有看到这个形势，皇帝与大臣们意见针锋相对，除了对战争的观念不同之外，更主要的是双方知识储备、国家视野、掌握的信息量不同。乾隆站得高、看得远。而朝中大臣们则对这些“蛮夷”素少关注，对乾隆的这一决定难以理解。满朝大臣，只有小舅子傅恒赞成皇帝的决定。战争结束后皇帝回忆当时的情景说：“人心狃于久安。在廷诸臣，惟大学士傅恒与朕协心赞画，断在必行，余无不意存畏葸。”
领导人的能力体现在做出高人一筹的决断，并且有力地实施这个决断。因此，这场战争最重要的不是战斗本身，而是如何推动大清帝国这架机器走上战争轨道。
乾隆皇帝后来回忆说：“斯时，力排众议，竭尽心力。”（《御制诗五集》）做官僚集团的思想工作，动员、组织文武官员投入这场战争，让他几乎精疲力竭。他连篇累牍地发布谕旨，分析清准力量对比，再三论证出兵讨伐的必要性，并表示自己决心已下，不可动摇。他说：“此正可乘之机。若失此不图，再阅数年，伊事势稍空，必将故智复萌，然后仓猝备御，其劳费必且更倍于今。”“此际达瓦齐力穷失据，且内难相寻，众心不服，失此不图，数年之后，伊事务稍定，仍来与我为难，必致愈费周章。”
乾隆十九年（1754年）十月十三日，他在太和殿召见诸王和满族大臣，对他们说：“朕总理天下诸务，惟据理独断，应办之事，断不为众所阻挠。如其不可，众人强为奏请，朕亦断不允行。是皆尔等所共知者。此用兵要务，朕筹之已审，岂以众人怯懦，即失机宜，半途而废。”（《清高宗实录》）
经过反复思想动员，终于，人们表面上不再反对了。大清帝国勉强开上了战争轨道。
然而乾隆却物色不到一位堪当大任的主帅。在所有的大臣中，只有傅恒真心诚意支持出兵，可是此人素不知兵，难以承担如此大任。平安无事数十年的满族将领们也“惟守妻孥以求安逸，闻战阵而甘退缩”。成兖札布、策楞、舒赫德等老将素称勇敢干练，可是对这场战争却都心怀退缩，“萎靡懦怯”，无奋勇争先之态。左右权衡，乾隆勉强选定了班第和永常，分任北路和西路主帅。
接下来是粮草问题。如果按照“兵出粮随”的用兵常理，这场战争根本没法打。因为平定准噶尔的时机是突然到来的，清王朝毫无准备。前线并无粮草，准备也已来不及。一是从内地运粮到西部，每石米价值不过3两银子，可是运费要高达20两。二是即使清廷财力充裕，负担得起运费，征购和运送时间上也万万来不及。
乾隆悍然决定，抛弃行军常规，“因粮于敌”。也就是说，每名士兵自背可吃两个月的口粮，其余口粮，沿途取之于蒙古牧民。乾隆的上谕说得冠冕堂皇：“官兵前进，沿途可以打牲，宰杀疲乏牲畜。现在投诚的厄鲁特蒙古人所有的牲畜，虽然不应夺取，但是暂时取用，将来再给补偿，也无不可。”
这实际上允许官员沿路抢掠。所谓将来补偿，只是无法兑现的空话而已。这一大胆的举动后来被证明埋下了严重后患，在当时却被乾隆认为是唯一的办法。
此谕一出，不少大臣都目瞪口呆，纷纷反对。陕甘总督刘统勋上奏说此举太过冒险，仍当先筹粮运饷，然后再进兵。乾隆批评他说：“刘统勋此奏……全不合此次机宜。”
定西将军永常也反对因粮于敌。乾隆皇帝说得口干舌燥，禁不住骂起人来：“永常全不知事理之轻重，颠倒舛谬，至于此极！”
一顿痛骂，终于压住了所有反对者的声音。乾隆二十年（1755年）二月，清军北路和西路两路出师，共计五万人，加上负责运输的夫子共近八万人。每位士兵配备战马三匹，共计十五万匹。配备骆驼一万峰。乾隆以从准噶尔叛逃的重要将领阿睦尔撒纳为前锋，以收招降之效。果如乾隆所料，准部连年内战，人心厌乱，清军一到，纷纷归降，“各部落闻风崩涌……所至台吉、宰桑，或数百户，或千余户，携酮酪，献羊马，络绎道左，师行数千里无一人抗颜行者。”大军刚刚出动，就有札哈泌部一千三百户来降，称“我等为达瓦齐残虐，愿率属效力”。紧接着准噶尔颇有权势的大台吉也率部属投降。五月，两路大军会师于新疆博乐县（今新疆博禾市），向伊犁进军。伊犁民众也纷纷迎降。“大兵至伊犁，部众持羊酒迎犒者络绎载道，妇孺欢呼，如出水火，自出师以来，无血刃遗镞之劳，敉边扫穴，实古所未有”。充分证明了这次出师时机选择的重要性。
在这种情况下，准部新首领达瓦齐无心抵抗，率一万人逃亡至伊犁西南的格登山。清军穷追不舍，将其擒获，送往京师。平准战争初获胜利。
过于迅速的成功往往包含着问题。清军攻克伊犁后，原以为可以缴获一部分牲畜、粮食。不料准部屡经战祸，伊犁并无积存物资。因为军粮不继，平定了准部之后，清朝大军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支持乾隆平准的喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝对喀尔喀蒙古的榨取超过了极限。“因粮于敌”的策略在战争中实际上演变成了因粮于友。在开往新疆的途中，缺乏物资准备的清军一再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用的方式夺走了。除了这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜的带领下，一万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古的反清战争。
乾隆醒悟到了自己的失误，迅速转了弯子。“北京理解到了这一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人的贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔的哥萨克》）
乾隆知道仅仅一封信是远远不够的。他又通过小时候一起读书的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住了喀尔喀蒙古，镇压了青衮杂卜起义，扫除了后顾之忧。
吸取了这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”了。他痛定思痛，改变了作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十一万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。
这场战争意义非同一般。自大清开国以来，准噶尔汗国这个敌对势力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窥视着内地，让连续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。
但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。
而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。准噶尔人一开始以为清军是自己的救星，及至发现他们其实是强盗后，越来越多的人自发地反抗清军，对他们展开袭击。因此，在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事，以维护自身的安全。而这一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓励。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清军参赞大臣哈达哈等向皇帝奏报：清军来到济尔玛台地方时，遇到厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报之后，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授为领侍卫内大臣。
在展开大屠杀前，乾隆已经多次导演过整部落的灭绝事件。
阿睦尔撒纳反叛后，乾隆分别任命了新的准噶尔四部汗王。其中任命巴雅尔为辉特部的汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆获悉巴雅尔追随阿睦尔撒纳复叛的消息后，大为震怒，他命人全力剿灭辉特部，对和硕特部汗王沙克都尔曼吉，也密谕清朝将军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。
沙克都尔曼吉在平准战争中率先投降了清朝，所以才被封为“和硕特汗”。他是坚定效忠清政府的。叛乱四起时，他拒绝附从叛军，不顾个人安危，毅然率本部四千余户离开故土投奔内地，来到清军驻地附近，“依巴里坤（清西路大军军营）近城以居”。清朝将军雅尔哈善见皇帝猜疑心重，遂抱定宁左勿右的宗旨。尽管沙克都尔曼吉毫无叛意，仍然设计剿杀。
对于这次屠杀，雅尔哈善很动了一番脑筋。他从自己的军队中精选了五百人，假装出兵他处，路过和硕特部的住地借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军来到，极表欢迎，腾出了最好的几十顶帐篷给这些清兵住。尽管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把仅存的几十只羊都杀掉了，拿出积存的所有美酒，盛情款待。心地拙实的蒙古首领们在宴席上都喝得大醉。等到半夜时分，清军“以笳为令，袭其卧庐”，一声令下，对沉睡中的蒙古人发起突袭，一个蒙古包一个蒙古包地杀戮，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”。而汗王沙克都尔曼吉也死得很惨。据《啸亭杂录》载，沙克都尔曼吉喝醉之后，脱光衣服，呼呼大睡，对于闯进来的清军毫不知觉。他的妻子从睡梦中惊起，见清军持刀砍向她的丈夫，遂奋不顾身赤身裸体扑到丈夫身上，为他挡刀，结果两人被乱刀砍死，死后仍然紧紧抱在一起，“裸而抱持之，如两白蛇蜿蜒穹庐中”。
情况汇报上来，乾隆帝夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，著交部“照军功议叙”。雅尔哈善于第二年被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后来又被封为一等伯。
如果说这些屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署。在第三次平准战争中，皇帝明确谕示：“厄鲁特人等反复无常，实为覆载所不容”，“此等贼人断不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另筹安插。前此两次进兵，皆不免过于姑容，今若仍照前办理，则大兵撤回，伊等复滋生事端，前事可为明鉴”。
在皇帝的导演下，一场惨绝人寰的悲剧在西部草原拉开了帷幕。
伊犁附近的赛里木湖是新疆最大、最美的高山湖泊之一，它像一块巨大的翡翠，静静地镶嵌在天山腹地。远岸雪峰高耸，湖边牛羊如云，恍若世外桃源。
250多年前，这座美丽的湖泊附近却上演了人类历史上最野蛮的一幕。乾隆二十三年（1758年）春天，正是草场返青、野花怒放的季节。数千名大清兵丁在这个季节里进行着一场盛大的围猎。他们围猎的对象不是动物，而是人类，是新疆准噶尔部落的蒙古族平民。他们进入一条条山谷，沿河而上，细细搜索，遇到蒙古包，就冲进去，把里面的人统统砍死。大部分世代生活在这里的蒙古牧民根本没有弄明白是怎么回事，就一家家被消灭了。
一支拥有二百顶帐篷的蒙古小部落提前下了山，在赛里木湖畔支起了一顶顶帐篷。这支部落已经在这里平静地生活了数百年，他们根本想不到自己有一天会成为自己同类的猎物。部落中的男人骑着骏马，慢悠悠地驱赶着牛羊，女人在帐篷里赶制一天的食物，孩子们淌着鼻涕，扯着刚返青的枝条玩着打仗的游戏。一切都与其他春季没有区别。
中午的时候，急促而纷繁的马蹄声响起。数千名全副武装的清朝骑兵形成一个半圆形，由远及近，围住了这片湖畔的二百多顶帐篷。男人们惊讶得不知所措，张大着嘴呆呆地看着这些陌生的异族人。女人们躲进帐篷由毡缝偷偷向外窥视。只见这些身材矮小的满族军人从一座座蒙古包里把蒙古人驱赶出来。个别人想反抗，立刻被军人砍翻在地。